Program Pascasarjana UNEJ merupakan bagian tidak terpisahkan dari Universitas Jember, dan dilahirkan di saat-saat UNEJ mengembangkan jatidirinya menuju universitas yang berkualitas dan berbasis riset (teaching cum research university).
Merunut sejarahnya, Universitas ini dilahirkan pada 9 November 1964, atas dasar Keputusan Menteri PTIP Nomor 151/1964. Diktum keputusan tersebut bahwa Universitas Brawidjaja Tjabang Djember dinyatakan berdiri sendiri dengan status negeri menjadi Universitas Negeri Djember dengan singkatan UNED. Saat berdirinya, Universitas Negeri Djember saat itu memiliki empat fakultas, yaitu: (1) Fakultas Hukum (di Jember dengan cabangnya di Banyuwangi), (2) Fakultas Sosial dan Politik (di Jember), (3) Fakultas Pertanian (di Jember), (4) Fakultas Ekonomi (di Banyuwangi), dan (5) Fakultas Sastra (di Banyuwangi).
Sebelum masa berdirinya Universitas Jember tahun 1964 tersebut, UNEJ berasal dari universitas swasta bernama Universitas Tawang Alun yang berdiri pada 4 November 1957, yang hanya terdiri satu fakultas, yaitu Fakultas Hukum. Pada tahun 1960 didirikan Fakultas Administrasi Negara dan Perusahaan (ANP), setahun kemudian menjadi Fakultas Sosial dan Politik (Fakultas Sospol). Atas permintaan masyarakat, Universitas Tawang Alun pada tahun yang sama menambah fakultas-fakultas baru, yaitu: Fakultas Pertanian, Fakultas Ilmu Pendidikan, dan Fakultas Kedokteran yang pada tahun 1962 kedua fakultas ini dibina oleh Universitas Airlangga Surabaya. Pada tanggal 5 Januari 1963, Universitas Tawang Alun dinegerikan bersamaan dengan Universitas Brawidjaja Malang, meskipun statusnya masih sebagai cabang dari Universitas Brawidjaja (UNBRA) yang berkedudukan di Jember, dengan status Fakultas Hukum dan Fakultas Pertanian masing-masing sebagai cabang dari Fakultas Hukum dan Fakultas Pertanian UNBRA Malang, sedangkan Fakultas Ilmu Sosial dan Politik, Fakultas Ilmu Pendidikan, dan Fakultas Kedokteran berdiri sendiri di Jember. Kemudian, pada Tahun Ajaran 1963/1964 didirikan dua fakultas baru, yaitu Fakultas Sastra dan Fakultas Ekonomi yang berkedudukan di Banyuwangi di bawah UNBRA Tjabang Djember. Pada tahun itu pula, Fakultas Kedokteran UNBRA Malang Tjabang Djember diintegrasikan ke dalam Universitas Airlangga Surabaya sedangkan Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan diintegrasikan ke dalam IKIP Negeri Malang, hingga pada 9 November 1964 dinyatakan berdiri sendiri dengan status negeri menjadi Universitas Negeri Djember dengan singkatan UNED. Baru pada tahun 1982, berdasarkan Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 61 Tahun 1982, tanggal 7 September 1982, Universitas Negeri Djember ditetapkan bernama Universitas Jember dengan akronim UNEJ, yang tumbuh berkembang fakultas dan prodinya hingga saat ini.
Program Pascasarjana UNEJ mulai dilaksanakan pada tahun kuliah 1999, terbatas pada dua prodi S2, yaitu Prodi Magister Manajemen dan Prodi Magister Agronomi. Baru pada tahun 2000, berdasarkan Keputusan Rektor Nomor KPTS/7539/J25/KP/2000 tanggal 5 Desember 2000 didirikan Program Pascasarjana Universitas Jember, yang untuk pertama kalinya mengelola 3 (tiga) prodi, yaitu dua prodi pertama di atas, ditambah dengan Prodi Magister Administrasi Publik. Dalam perjalanannya, berbagai prodi pascasarjana tumbuh berkembang, baik prodi magister (S-2) maupun prodi doktor (S-3). Sampai saat ini, Program Pascasarjana Universitas Jember melaksanakan 7 (tujuh) Prodi Doktor Monodisiplin, 1 (satu) Prodi Doktor Multidisiplin, 25 (dua puluh lima) prodi Magister Monodisiplin dan 3 (tiga) Prodi Magister Multidisiplin.
Organisasi dan ketatalaksanaan pengelola Program Pascasarjana UNEJ sejak berdirinya dilaksanakan secara terpusat di bawah Struktur Program Pascasarjana UNEJ yang diketuai oleh seorang Direktur dengan dibantu 3 (tiga) Wakil Direktur, yang membawahi berbagai Prodi yang dipimpin oleh Ketua Prodi dengan dibantu Sekretaris Prodi. Pengelola Program Pascasarjana berkewajiban melaksanakan seluruh kegiatan ke-pascasarjana-an dalam lingkup Tri Dharma.
Pada tahun 2010, melalui Peraturan Rektor UNEJ nomor 510/H.25/PS.8/2010 tertanggal 21 Januari 2010 dilakukan Penataan Program Pascasarjana UNEJ, yang pada intinya menugaskan proses pembelajaran mahasiswa pascasarjana kepada masing-masing fakultas dimana prodi berada. Sementara itu, institusi Program Pascasarjana bertugas sebagai lembaga pelaksana koordinasi administrasi mahasiswa sejak seleksi hingga kelulusannya, mengembangkan kerjasama antar institusi dan melaksanakan pengawasan dan penjaminan mutu proses belajar mengajar untuk menjamin kualitas lulusan. Selanjutnya, pada tahun 2013, melalui Keputusan Rektor Nomor 10217/UN25/SP/2013 tertanggal 5 September 2013 diterbitkan Pelaksanaan Peraturan tentang penataan program pascasarjana, yang pada intinya mempertegas tugas dan fungsi Program Pascasarjana di atas. Sejak tahun 2010 sampai saat ini, organisasi dan ketatalaksanaan Program Pascasarjana dipimpin oleh Direktur dengan dibantu seorang sekretaris, dan sejumlah staf administrasi akademik, keuangan dan umum yang dipimpin oleh koordinator tata usaha.
Semenjak berdirinya, Program Pascasarjana telah mengalami beberapa pimpinan (direktur), yaitu Prof. Ir. I Made Sedhana (periode 2000-2004), Prof. Dr. Akhmad Khusyairi, M.A. (periode 2004-2010), Prof. Dr. Harijono, S.U. (periode 2010-2012), Prof. Drs. I Made Tirta, M.Sc., Ph.D. (periode 2012-2013), Prof. Dr. Ir. Rudi Wibowo, M.S. (periode 2013-2021), Prof. Dr. M. Arief Amrullah, S.H., M.Hum (periode 2021 s.d 2022) dan Prof. Dr. Budi Setyono, MA (periode 2022 s.d 2026)